Elke Eckerstorfer stammt aus Wels, Oberösterreich, besuchte das Linzer Musikgymnasium und begann ihr Klavierstudium am Brucknerkonservatorium.

Seit 1994 studierte sie Orgel-Konzertfach bei Rudolf Scholz und Klavier-Instrumentalpädagogik bei Antoinette van Zabner an der Universität für Musik in Wien. 2000/01 führte sie ein Studienaufenthalt ans Conservatoire National Supérieur de Paris in die Orgelklasse von Michel Bouvard und Olivier Latry. Zurück in Wien setzte sie ihr Orgelstudium bei Michael Radulescu fort und begann zusätzlich ihr Cembalo und Generalbassstudium bei Wolfgang Glüxam und Augusta Campagne. Sie absolvierte alle Studien mit Auszeichnung.

Im Rahmen ihrer Ausbildung nahm Elke Eckerstorfer mehrmals an der Internationalen Bach-Akademie in Porrentruy/Schweiz teil und besuchte Meisterkurse bei Dorothy de Rooij, Almut Rössler, Ludger Lohmann und Robert Lehrbaumer. 2003/04 war die Organistin Stipendiatin der Dr. Robert und Lina Thyll-Dürr Stiftung.

Elke Eckerstorfer errang erste Preise beim Bundeswettbewerb „Jugend musiziert“ und beim internationalen Wettbewerb für junge Organisten in Aigen/Schlägl 1998. 2004 gewann sie den 2. Preis und den Publikumspreis beim XIV internationalen Johann Sebastian Bach Wettbewerb in Leipzig.

Die Organistin konzertiert im In- und Ausland, hatte u.a. Soloauftritte im Brucknerhaus und Mariendom Linz, Stephansdom und Augustinerkirche Wien, Stiftkirche St.Florian, Notre Dame Paris, Cathedral de Bourges, Basilica Pécs, Musikhochschule Kunitachi Tokio.

Solistisch trat sie mit den Philharmonischen Orchestern Kiel und Erfurt, der Hochschulsinfonietta Wien, dem Jeunesse Orchester Linz und der Camerata Wels auf.

Außerdem wirkte sie bei Konzerten der Wiener Symphoniker, Klangforum Wien, Chor- und Orchestervereinigung St.Augustin, Chorus sine nomine und Bach Chor Wels mit und spielt als Kammermusikerin in verschiedenen Formationen.

Neben Aufnahmen für den Rundfunk und Mitwirkung bei verschiedenen CD-Produktionen sind von Elke Eckerstorfer eine CD mit dem Orgelgesamtwerk von Balduin Sulzer (2006) und eine CD der Reihe „Orgellandschaften Oberösterreich“ an den Breinbauer Orgeln in Ottensheim und Gramastetten (2008) erschienen.

Elke Eckerstorfer unterrichtet an der Universität für Musik in Wien und an der Musikschule Maria Anzbach.